DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20911 CN1CCN(c2ccc(-c3cc(-c4cccc(NC(=O)OCc5ccc(Cl)cc5)c4)nc4ccccc34)cn2)CC1 AlphaDrug 6N9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20912 CN1CCN(c2ccc(-c3cc(-c4ccc(N5CCOCC5)cc4C#N)nc4ccccc34)cn2)CC1 AlphaDrug 6N9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20913 CN1CCN(c2ccc(-c3cc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4C(N)=O)nc4ccccc34)cn2)CC1 AlphaDrug 6N9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20914 Cc1ccccc1-c1cc(-c2ccc(N3CCN(C)CC3)nc2)on1 AlphaDrug 6N9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20915 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(NCc4nc5cc(-c6ccncn6)ccc5[nH]4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5YFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20916 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(NCc4nc5cc(-c6ccccc6)ccc5[nH]4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5YFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20917 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(NCc4ccc5[nH]c(=O)[nH]c5c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5YFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20918 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(CNc4nc5ccc(C(N)=O)cc5[nH]4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5YFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20919 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(NCc4nc5cc(F)ccc5[nH]4)n3)cc2)cc1 AlphaDrug 5YFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20920 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(NCc4nc5cc(-c6ccnc(C(=O)O)c6)ccc5[nH]4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5YFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20921 COc1ccc(NC(=O)c2ccc(S(=O)(=O)Nc3cccc(S(N)(=O)=O)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5YFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20922 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3ccc(-c4cccc(C(=O)O)c4)cc3O)cc2)cc1 AlphaDrug 5YFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20923 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(NCc4ccc(-c5ncnn5CC(=O)O)cc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5YFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20924 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(NCc4nc5cc(-c6ccnc(C)c6)ccc5[nH]4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5YFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20925 CCC(C)(NC(=O)c1cc(-c2ccccc2)on1)C(=O)NCCC(=O)Nc1ccccc1 AlphaDrug 5LLG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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