DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20956 C=C(C(=O)c1cccc(OC2CCC(C)CC2)c1)c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20957 COc1ccc(-c2ccc(C3CCCCC3)cc2C(=O)O)cc1C(C(=O)C1CCCCC1)C1C=CC=C1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20958 COc1ccc(-c2cc(C3CC3(C)C)cc(C3(C)CCC(C)(C)CC3)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20959 CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3cc(O)cc(C4=CCCCC4)c3)c2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20960 COc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(=O)O)c3)ccc2C)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20961 COc1ccc(-c2cc(OCC(F)(F)F)cc(C3=CCCCC3)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20962 CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3ccc(O)c4c3C(O)C(O)C(O)CO4)c2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20963 COc1ccc(-c2cc(-c3cccc(CCC(=O)O)c3)ccc2C)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20964 COc1ccc(-c2cc(-c3cnn(CC(O)c4ccccc4)c3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20965 COc1ccc(-c2cc(C3CCCCC3)ccc2C(F)(F)F)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20966 C=C(C(=O)c1cccc(OC2C=CC(C)CC2)c1)c1cccc(C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(=O)O)c1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20967 COc1ccc(-c2ccc(C3=CCCCC3)cc2C(F)(F)F)cc1C(N)C(=O)C1CCCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20968 COc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(C4CCCCC4)c3)c2)cc1C(NS(C)(=O)=O)C(=O)O AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20969 COc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(C4CCCCC4)c3)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20970 COc1ccc(-c2cc(C3=CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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