Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21001	COc1ccc(-c2cc(C(O)c3cc(F)cc(F)c3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21002	COc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(C4CCCCC4)c3)c2)cc1C(C(=O)O)C1C=CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21003	COc1ccc(-c2cc(C3CCCCCC3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21004	COc1ccc(-c2cccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)c2)cc1C(C(N)=O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21005	COc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3ccc(C4CCCCC4)cc3)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21006	COc1ccc(-c2cc(C3=CCCCCC3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21007	COc1ccc(-c2cc(C3=CCCCC3)cc(C3CC3)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21008	COc1ccc(-c2cc(C(O)c3ccc(C4=CCCC4)cc3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21009	COc1ccc(-c2cc(C(O)c3ccc(C4CC4)cc3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21010	COc1ccc(-c2cc(-c3ccccc3)ccc2C)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21011	C=C(C(=O)c1cccc(OC2CCC(C)CC2)c1)c1cccc(C(O)C(=O)O)c1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21012	COc1ccc(-c2cc(C3CCCCC3)cc(C3CCC3)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21013	CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3ccc(O)c(C4(C(=O)O)CCCC4)c3)c2)CC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21014	CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)C(=O)NC3CCC(O)CC3O)c2)CC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21015	COc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(C4CCCCC4)c3)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

21001 to 21015 of 73725 items. Total 4915 pages.