DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21031 CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3ccc(O)c(C4(C(N)=O)CC4)c3)c2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21032 CC1CCC(Oc2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3Cc3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21033 C=C(C(=O)c1cccc(OC2CCC(C)CC2)c1)c1cccc2ccc(C(=O)O)cc12 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21034 COc1ccc(-c2cc(C3=CCCCC3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21035 COc1ccc(-c2cc(C3CCCC(C(=O)O)CC3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21036 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(OCC(F)F)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 6G6T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21037 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4ccc5c(c4)CCCC5)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6G6T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21038 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc4sccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 6G6T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21039 Cc1cc(NS(C)(=O)=O)cc2ccccc12 AlphaDrug 6G6T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21040 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(C(=O)O)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 6G6T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21041 CC(C)c1ccc(-c2ccc(C(=O)C(O)C(F)(F)F)cc2)cc1O AlphaDrug 6G6T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21042 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(OCc4cccc5ccccc45)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 6G6T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21043 Cc1ccc(-c2ccccc2C)cc1NC(=O)c1ccc(C(C)C)nc1 AlphaDrug 6G6T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21044 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(C(F)F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6G6T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21045 CC(C(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1ccc2c(ccn2C)c1 AlphaDrug 6G6T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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