Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21016	C=C(C(=O)c1cccc(OC2CCC(C)CC2)c1)c1cccc2ccc(O)cc12	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21017	COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3C(F)(F)F)ccc2C)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21018	COc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(C4CCCCC4)c3)c2)cc1C(C(N)=O)C1CC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21019	CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3ccc(O)c(C4CCCCC4)c3)c2)CC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21020	COc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(C4CCCCC4)c3)c2)cc1C(N)C(CO)C(=O)O	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21021	CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)C(O)C(=O)NC3CCC(O)CC3O)c2)CC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21022	COc1ccc(-c2cc(C(O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21023	COc1ccc(C(c2cccc(C3(C(=O)O)CC3)c2)N2CCCCC2)cc1C(N)=S	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21024	COc1ccc(-c2cc(-c3cccc(NC4CCCC4)c3)ccc2C)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21025	COc1ccc(-c2cc(C3CCCCC3)nc(NC3CCCCC3)n2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21026	C=C(C(=O)c1cccc(OC2CCC(C)CC2)c1)c1ccc2cccc(C(=O)O)c2c1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21027	COc1ccc(-c2cc(C3=CCCC(C(=O)O)CC3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21028	COc1ccc(-c2cc(C3CC3(C)C)cc(C(F)(F)F)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21029	CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3ccc(O)c(C4CCC(N)C4)c3)c2)CC1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21030	COc1ccc(C(=O)NC2=C(Oc3cccc(C(O)C(O)C(O)C(O)C4CCCCC4)c3)CCCC2)cc1C(C)C	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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