Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20791	CC1CCN(C(=O)c2ccc(-c3nc4c(O)c(Cl)ccc4[nH]3)cc2)C1	AlphaDrug	5OS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20792	O=C(c1ccc2ccc(O)cc2c1)N1CCC(NCCO)CC1	AlphaDrug	5M28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20793	O=C(c1ccc2ccc(O)cc2c1)N1CCC(NCc2ccc(-c3ccnc4ccccc34)cc2)CC1	AlphaDrug	5M28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20794	O=C(c1ccc2ccc(O)cc2c1)N1CCC(NCc2ccc(-c3ccnc4ccccc34)cc2)CC1	AlphaDrug	5M28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20795	O=C(NC1C=CCC(NC(=O)C2CCN(C(=O)c3cccc4ccc(O)cc34)CC2)C1)C1CCCCC1	AlphaDrug	5M28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20796	O=C(c1ccc2ccc(O)cc2c1)N1CCC(n2c(=O)[nH]c(=O)c3cc(Cl)ccc32)C1	AlphaDrug	5M28	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20797	O=C(c1ccc2cc(O)ccc2c1)N1CCC(C2CCN(C(=O)C3(c4ccccc4)CCCC3)CC2)CC1	AlphaDrug	5M28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20798	O=C(c1ccc2ccc(O)cc2c1)N1CCC(N2CCC(c3ccccc3)CC2)CC1	AlphaDrug	5M28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20799	O=C(NC(CO)C1CCCCC1)C1CCN(C2CCN(C(=O)c3cccc4ccc(O)cc34)CC2)CC1	AlphaDrug	5M28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20800	O=C(NC1CCCCNCC1NC(=O)c1ccccc1)c1ccc2cc(O)ccc2c1	AlphaDrug	5M28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20801	O=C(c1ccc2ccc(O)cc2c1)N1CCC(N2CCN(C(=O)C3(c4ccccc4)CCCC3)CC2)CC1	AlphaDrug	5M28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20802	NC(=O)c1cc(P(=O)(O)O)ccc1Nc1ccc(Cl)c(C(=O)O)c1	AlphaDrug	5J27	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20803	NC(=O)c1cc(C(=O)c2cn(C3CCCCC3)c3ccccc23)ccc1Nc1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	5J27	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20804	NC(=O)c1cc(C(=O)c2cn(CCCC(=O)O)c3ccccc23)ccc1Nc1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	5J27	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20805	NC(=O)c1cc(S(=O)(=O)CCCC2C=CCCCC2)ccc1Nc1cccc2ccccc12	AlphaDrug	5J27	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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