Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21391	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)c1[nH]cnc1-c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21392	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2ccccc2)C1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21393	COc1ccc(C2CCC(N3CCCC3)CC2)cc1N[SH](C)(=O)C1CCN(c2ccc(F)cc2)CC2(CCCC2)C1	AlphaDrug	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21394	Cc1nncc(N2CCC(C(C)C(=O)N3CCC(c4ccc5c(-c6ccc(F)cc6)c[nH]c5c4)CC3)CC2)c1C	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21395	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2ccc(Cl)cc2)C1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21396	COc1ccc(C2CCCCC2)cc1N[SH](C)(=O)C1CCN(c2ccc(F)cc2)CC2(CCCC2)C1	AlphaDrug	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21397	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2cc(F)ccc2O)CC1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21398	COc1ccc(-c2ccc([N+](=O)[O-])cc2)cc1N[SH](C)(=O)CC1CCCCC1	AlphaDrug	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21399	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(OCc4ccccc4)ncnc3c2)CC1)c1cccc(NS(C)(=O)=O)c1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21400	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCCC(O)(c2ccc(Cl)cc2)CC1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21401	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2cccc(Cl)c2)CC1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21402	COc1ccc(N2CCC([SH](C)(=O)Nc3cc(C4CCCCC4)ccc3OC)CC3(CCCC3)C2)cc1	AlphaDrug	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21403	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2cccc(Cl)c2)C1	AlphaDrug	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21404	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCCC(NC(=O)c2ccc(Cl)cc2)C1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21405	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2ccc(C(=O)O)cc2)CC1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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