Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21406	Cc1cccc(N2CCC(C(C)C(=O)N3CCC(c4ccc5c(-c6ccc(F)cc6)c[nH]c5c4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21407	COc1ccc(C2(O)CCC(C(C)C(=O)N3CCC(c4ccc5c(-c6ccc(F)cc6)c[nH]c5c4)CC3)CC2)cc1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21408	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21409	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2ccccc2)CC1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21410	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1C=CC(O)(C2CCCCC2)CC1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21411	Cc1cc(N2CCC(C(C)C(=O)N3CCC(c4ccc5c(-c6ccc(F)cc6)c[nH]c5c4)CC3)CC2)ccn1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21412	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2ccc(F)c(Cl)c2)CC1	AlphaDrug	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21413	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2cc(F)cc3ccccc23)CC1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21414	Cc1ccccc1N1CCC(C(C)C(=O)N2CCC(c3ccc4c(-c5ccc(F)cc5)c[nH]c4c3)CC2)CC1	AlphaDrug	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21415	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2ccc(F)cc2)CC1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21416	COc1ccccc1C(C)NC(=O)c1ccc(-c2cccc(CCCc3ccccc3)c2)o1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21417	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2cc(O)cc(F)c2)CC1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21418	Cc1cc(F)ccc1-c1c[nH]c2cc(C3CCN(C(=O)C(C)C4CCCN(c5ncnc6[nH]ccc56)CC4)CC3)ccc12	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21419	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2cc(F)cc3[nH]c(=O)[nH]c23)CC1	AlphaDrug	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21420	COc1ccc(C2CCN(C(=O)O)CC2)cc1N[SH](C)(=O)C1CCN(c2ccc(F)cc2)CC2(CCCC2)C1	AlphaDrug	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

21406 to 21420 of 73725 items. Total 4915 pages.