DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21466 O=C(NO)C1=C(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(=O)N1c1cccc(Oc2ccc(F)cc2)c1 AlphaDrug 5KM9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21467 O=C(NO)c1cccc(CNc2nc(C(F)(F)F)nc3c(C(F)(F)F)c(C4CC4)ccc23)c1 AlphaDrug 5KM9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21468 N#Cc1ccc(C2=C(C(=O)NO)N(CCc3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)C2=O)cc1 AlphaDrug 5KM9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21469 CS(=O)(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(Cc3cccc4ccccc34)cc2)cc1 AlphaDrug 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21470 CS(=O)(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21471 CS(=O)(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(NC(=O)c4ccc(Cl)cn4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21472 CS(=O)(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc3nc(C#N)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21473 CS(=O)(=O)N1CCCC(Oc2ccc(OC(CC(=O)NO)S(=O)(=O)c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)cc2)C1 AlphaDrug 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21474 CS(=O)(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(NC(=O)c4ccc(N5CCC(c6ccccn6)CC5)cc4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21475 O=C1/C(O)=C\C=C(\c2ccc(OCc3cccc4ccccc34)cc2)CC2CCCCN12 AlphaDrug 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21476 CCOC(=O)c1cccc(OCC2CCCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(OC)cc4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21477 CS(=O)(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21478 CS(=O)(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(/C3=C/C=C4/C=C\CCOCCC3N3CCN4CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21479 COc1ccc(C(=O)Nc2ccccc2)cc1CN1CCC(C2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21480 COc1ccc(CN(C)C(=O)Nc2cccc3cc(NC4CCCCC4)ccc23)cc1 AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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