Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21496	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc4c(C)c[nH]c34)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21497	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(-c4ccccc4)n3)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21498	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4cc(C(F)(F)F)ncn4)c3)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21499	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc4[nH]c(C)nc34)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21500	COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc3cc[nH]c3c2)N2CCCN(CC3C=CCC=C3)CC2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21501	COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)N2CCCN(CC3CCC3)CC2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21502	COc1ccc2c(C3(c4ccc(NC(=O)c5ccc(OC)c(CC(O)c6ccc(Cl)cc6)c5)cc4)CCCC3)cccc2c1	AlphaDrug	3L3N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21503	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc3[nH]c(-c4ccc(C)c5ncccc45)cc3c2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21504	COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)c(C(F)(F)F)c2)N2CCCN(CC3CCCCC3)CC2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21505	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3-c3ccc(C)cc3)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21506	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C3CCCN(C(=O)C4CCCC4)CC3)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21507	COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc3c(c2)O/C=C\OCO3)N2CCCN(CC3CCCCC3)CC2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21508	Cc1cccc(-c2ccc(CN3CC(O)CC(C)c4ccccc4C(=O)C3=O)cc2)c1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21509	CC1CCC(N2CCC(Oc3ccc(NC(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)c4[nH]ccc34)CC2)CC1	AlphaDrug	3L3N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21510	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C3(c4cc(C(=O)O)ccc4O)CCCC3)cc2)cc1CC(O)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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