Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21541	COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccccc2)N2CCN(CC3CCCCCC3)CC2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21542	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21543	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc4ccc(CCC(=O)O)cc34)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21544	COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc3ccccc3c2)N2CCCN(CC3CCCCC3)CC2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21545	COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3)cc2)N2CCCN(CC3CCCCC3)CC2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21546	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc4n5ccc3CCOCCN4CC5)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21547	COCc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)NC3CCCCC3)c(C)c2)cc1	AlphaDrug	3L3N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21548	COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc(-c3cccnc3)cc2)N2CCCN(CC3CCCCC3)CC2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21549	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC4CCCC4)c3)cc2)cc1C1CCCCC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21550	COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc3cn[nH]c3c2)N2CCCN(CC3CCCCC3)CC2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21551	COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc3c(c2)CCCCC3)N2CCCN(CC3CCCCC3)CC2)cc1C	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21552	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc4c3ccn4C)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21553	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc4ncccc34)cc2)cc1CN1C=CC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21554	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C3(C4=CC=CC(NC(C)=O)=C5NC=CC=C45)CCNCC3)cc2)cc1CC(O)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21555	COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(CN4CCCC4)C(=O)O)c3)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1	AlphaDrug	3L3N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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