DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21481 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1CN1CCOC(CC(=O)N2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21482 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc4c3CCCC4)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1 AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21483 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1 AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21484 COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)N2CCCN(CCC3CCCCC3)CC2)cc1C AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21485 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3-c3cccnc3)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1 AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21486 COc1ccc(C(=O)Nc2ccccc2)cc1CN1CCC(C2CCCCCC2)CC1 AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21487 COc1ccc2c(-c3ccc(NC(=O)c4ccc(OC)c(CN5CCC(OC)CC5)c4)cc3)cccc2c1 AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21488 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(C)=O)c3)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1 AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21489 COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc3[nH]c(-c4ccc(C)cc4)cc3c2)N2CCCN(CC3CCCCC3)CC2)cc1C AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21490 COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc(C(N)=O)cc2)N2CCCN(CC3CCCCC3)CC2)cc1C AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21491 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC4CCCC4)c3)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1 AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21492 CC1CCC(N2CCC(OC3=C/C=C(NC(=O)C4CCCN4C(=O)O)\C=c4\[nH]c(=O)[nH]\c4=C\3)CC2)CC1 AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21493 COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc3[nH]c(-c4ccc(C(=O)O)cc4)cc3c2)N2CCCN(CC3CCCCC3)CC2)cc1C AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21494 COc1ccc(C(C(=O)Nc2ccc3[nH]c(-c4ccccc4)cc3c2)N2CCCN(CC3CCCCC3)CC2)cc1C AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21495 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc4c3CCC4)cc2)cc1CN1CCC(OC)CC1 AlphaDrug 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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