Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
34126	Cc1cccc(-c2cc3c4c(ccc5c4c2CNC5=O)OC(O)=CN3)c1C	Pocket2Mol	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34127	NNC(=O)c1ccc2c(c1)C(=NC1=C(O)CC=C1)[C@H]1C=CC(N)=NC1=N2	Pocket2Mol	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34128	O=C1N=CC2=C=CC(c3ccco3)=NC2=C1c1cccc([N+](=O)[O-])c1	Pocket2Mol	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34129	CC(=CCC1=NN=C2c3ccc(O)c4c3N(C(=O)[S@H]12)[C@H](C)NC4=O)C(=O)O	Pocket2Mol	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34130	Cc1ccc2c(n1)N1COCC3(C)C(O)CC4=C(C5=C2C(N)=NC5CC4)C13	Pocket2Mol	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34131	COC1=C2C3=C(N=C4C(O)C(=O)NC5C6CC6(O)C2N45)C(N)=NC3C=C1	Pocket2Mol	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34132	Cn1c2c3c(nncc3c3ccc(O)c4nccc1c43)CC=C(CCCO)N=2	Pocket2Mol	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34133	CN1c2nc(C3CC3)cc3nncc(c23)-c2cc(O)c(O)c3c2C1CN3	Pocket2Mol	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34134	Cc1ccc2c(c1)=C(c1c(-c3cccc(C(N)=O)c3)n[nH]c1N)CC=2	Pocket2Mol	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34135	Nc1nc(=O)c2ccc3c4c2n1C(=O)N1CCCC(C(=O)C3=O)C41	Pocket2Mol	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34136	N=C1N=C(N)C2N=c3ccc4c(c3=CC2=C1c1ccc(O)cc1)N=C(N)CN4	Pocket2Mol	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34137	CC1=Cc2cc(Cc3cccc(F)c3)c3c4c(ccc(c24)O1)C(=O)N(N)C3	Pocket2Mol	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34138	C1=C[C@H]2C(=Nc3ccc(-c4nnn[nH]4)cc3C2=Nc2ccoc2)N=C1	Pocket2Mol	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34139	NCCNC(=O)n1nc(C(=O)O)cc1-c1c(N)ncc2c1NCC2	Pocket2Mol	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34140	NC1=NC(=O)C(c2ccccc2)=C2C=C3c4ccccc4OCOC3C=C12	Pocket2Mol	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

34126 to 34140 of 73725 items. Total 4915 pages.