DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
34186 COc1ccc2c3c(c(-c4cccc(O)c4C)ccc13)C=NC2=O Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34187 COc1ccc(C2=C3C=C(c4cnccc4OC)CC=C3C(N)=NC2=O)cc1 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34188 NC1=NC2=Nc3ccc(-c4nnn[nH]4)cc3C(=NC3=C(O)CC=C3)C2=CC1 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34189 Nc1ncnc2c1N=C=N2 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34190 CC1C2=C3C4=C(CCC3N=C2N)CC(O)C2(C)OCc3cnc1n3C42 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34191 NC1=NC(=O)C2=C3C(=NC(=O)CC13)Cn1c2ccc(O)c1=O Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34192 CC1(C)Cc2cc3nc[nH]c(=O)c3cc2-c2n[nH]nc21 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34193 Nc1cc2c3c(cccc3n1)C1=C(CC=NC1=O)N2 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34194 NC1=NC(N)C(c2ccc(O)cc2)=C2C=C(c3cncnc3)CC=C12 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34195 O=C(O)c1cc(C2=NN=NC2C2=C3C=CSC3CCC2)ccc1O Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34196 Cc1nc(=O)c2cc3c4c(c(O)nc5c4c2n1CN5CCOC(F)F)CN=N3 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34197 CNC(=O)c1ccc2c(c1)C(=Nc1ccccc1)CC=N2 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34198 CN1c2nccc3nncc(c23)-c2cccc3c2C1CC(=O)N3 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34199 Nc1[nH]nc(-c2ccc(O)c(CC(=O)O)c2)c1C1=C2C=CC=CC2OCC1 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34200 NC1=NC(=O)c2cc3c4c(c2=C1)-c1ccc(O)c(=O)n1C(=O)CC4=CC=3 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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