DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
34156 Cc1ccc2n(c1=O)C(C)C(C(C)C)=C2c1ccnc(N)c1 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34157 COc1ccc2c3c(c(-c4cccc(O)c4C)ccc13)CNC2=O Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34158 N=C1N=C(N)C2=CC3C=Cc4ccc(N)nc4C3=CC2=C1c1ccc(O)cc1 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34159 Nc1ncc2c(c1-c1cc(C(=O)O)nn1C(=O)NCCO)NCC2 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34160 COC1N=C2c3cc(O)ccc3-c3cnnc4c3C2N2C(CCCC12)C4 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34161 Cc1cc(O)cc(-c2cc3c4c(ccc5c4c2CNC5=O)OC(=O)C=N3)c1C Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34162 CC1=Cc2cc(Cc3ccccc3)c3c4n(c(=O)c5ccc(c2c53)O1)NCN=4 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34163 Cc1ncc2c3c1NC(=O)CC3N(C)c1nccc3nncc-2c13 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34164 O=C1NC(=O)c2cc(=O)n3c(=O)[nH]c(=O)c4ccc1c2c43 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34165 COc1cc(C2=C(O)CC(O)=C3C(=O)N=C(N)C=C32)nc(N)n1 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34166 Cc1cccc(C2C=NC3N=CC=C(c4cc(N)n[nH]4)C3=C2)c1 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34167 NC(=O)c1cccc(C2=NN=C=C2c2ccc(F)cc2)c1 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34168 CC=NC1=CN(CCC)N=C2c3nc(N)nc4c3-c3c(cc(O)cc3[C@H]12)OC4 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34169 CC1N(C)C(=O)C2=C3C(CC(=O)C(O)N31)C1=C(C=NC1N)C2 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34170 N=C1N=C(N)C2C=c3ccc4cnc(N)nc4c3=CC2=C1c1ccc(O)cc1 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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