DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
34171 NC(=O)c1cc(C2=NN=NC2C2=C3C=CSC3CCC2)ccc1O Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34172 N=C1N=C(N)C2NC3C=Cc4cnc(N)nc4C3=CC2=C1c1ccc(O)cc1 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34173 CNC(=O)c1ccc2c(c1)C(=NC1=C(O)CC=C1)[C@H]1CC(=O)C(N)=NC1=N2 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34174 O=C1N=C2N=Cc3cncc4c3C2C=C1c1n[nH]cc1CC/C=C(/O)CCO4 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34175 O=c1[nH]c(=O)n2c3c(ccc(O)c13)C1=NN=C(C3C=CC=CC3)C1C2 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34176 CN1CCc2ccc3cnc4ncc5n4c3c2CN2C5=CC(=O)NC12 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34177 CC1CC2(C)C(=O)NNCCCc3cnc4ncc5c(n34)C=C2C1C5 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34178 COCCN1Cn2c(C)nc(=O)c3cc4c5c(c(O)nc1c5c32)CN=N4 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34179 COc1ccc2c3c(c(-c4cccc(C)c4C)ccc13)C=NC2=O Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34180 N=C1N=C(N)C2CC3C=Cc4ccc(N)nc4C3=CC2=C1c1ccc(O)cc1 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34181 CC12CCCN(C1)NCC(=O)NCc1cnc3ncc4ccc2cc4n13 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34182 COCCN1C2=NC=NC3NCc4cc5c(=O)nc6n(c5c2c43)C1CCC6 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34183 NC1=NC(=O)C(c2ccccc2)=C2C=C(c3ccccc3O)CC=C12 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34184 Cc1nc2n(n1)c(NCCO)c(C)c1c(C)nc(N)n12 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34185 CN(C)C1=CN(CC(=O)O)N=C2c3ccnc4c3-c3c(cc(O)cc3C12)OC4 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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