DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
34216 COc1ccc(C2=C3C=C(c4cc(F)ccc4O)CC=C3C(N)=NC2=O)cc1 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34217 NC1=NC2NCc3ccccc3C2=c2cc3c(cc21)=CCOc1ccccc1-3 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34218 COc1ccc2c(c1)N1CCCCC1CC2=O Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34219 NC1=NC2C=CC=C3C2=C1N=C(C(=O)O)N1CCC(O)C31 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34220 Nc1nc2ncnc-2c[nH]1 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34221 O=C1CCC2c3c1ccc1c(=O)[nH]c(=O)n(c31)C(=O)N2c1cccc(Cl)c1 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34222 COc1ccc2c3c(c(-c4cccc(C)c4C)ccc13)CNC2=O Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34223 OC1CCC2c3c1ccc1c3C(C3=NC=NC32)C(O)CO1 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34224 NC1=C2CC(=O)NCCN2N=C2c3ccncc3-c3ccc(O)cc3C21 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34225 CC1C2=C3C4=C(CCC3N=C2N)CC(O)C2(C)OC(=O)c3cnc1n3C42 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34226 Cn1cc2c(c1O)C1CC(N)CN(C=O)C1c1ccncc1-2 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34227 NC(=O)c1cc(-c2n[nH]c(C(=O)O)c2C2=C3C=CC=CC3OCC2)ccc1O Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34228 COCC1NC(=O)c2ccc3c(=O)n4c(c5c3c2N1CC5C)CC=N4 Pocket2Mol 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34229 Cc1cnc(N)c2nc3c(cc12)c(=O)n(C)c1nc(N)nc(C)c31 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34230 CC1C2=C3C4=C(CCC3N=C2N)CC(O)C2(C)NC(=O)c3cnc1n3C42 Pocket2Mol 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

34216 to 34230 of 73725 items. Total 4915 pages.