DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
45241 O=C(O)C1Cc2cc(O)c3nccc4/c5[nH]c6c(c(nc(=O)n6CCC/C=5)C1)c2c34 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45242 O=C(O)c1ccc2c(c1)C1=C3C(=COC(CO)N3C(=O)OC1)C2O Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45243 CCC(=O)OC1OC(C(OC)OC)C(O)C(O)C1O Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45244 O=C(O)C1C2c3cc(O)c4nccc5c4c3-c3c(nc(=O)n4c3NC5CCCC4)C12 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45245 O=C1COC2C=C3COC(CO)n4c3c(ccc4=O)C3=C(Cc4ccccc4)CN1C32 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45246 CC1CCC2=C3Nc4c5c(nc(=O)n4C1)CC(C(=O)O)Oc1cc(O)cc(c1-5)C3=CC2 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45247 O=C(O)C1Cc2cc(O)c3cccc4/c5[nH]c6c(c(nc(=O)n6C(O)CC/C=5)C1)c2c34 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45248 CCc1cccc(C2=C3c4ccc(=O)n5c4C(=CC4OCCN(C2=O)C34)CC5CC)c1 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45249 CC1Cc2cccc3c2Nc2c4c(nc(=O)n2C1)CC(C(=O)O)Cc1cccc-3c1-4 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45250 CNC1C(=O)N2CC(=O)N(C(=O)O)C3=CCC4C(C)(O)COC1C4(C)C32 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45251 CCC1CCC2=CC3CCCN4C(=O)C5=C(C6=C2N1C(=O)CC6C(=O)C1CCCC51)C34 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45252 c1ccc2[nH]cnc2c1 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45253 Cc1cccc2c1Cc1c(CCC(=O)O)nc(=O)n3c1N1CC(C)(CCC21)C3 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45254 O=C1N=C2C3CC4CC(O)C(O4)N(C(=O)O)C3=CC3=CC(O)=CC1C32 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45255 O=C1C=C2C=C3C(CC4CC(O)C(O4)N3C(=O)O)C3=NC(=O)C(=C1)C23 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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