DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
45271 CCC1Cc2ccn3c2C2=C4C5=C(CC(O)C(O)C4CC(=O)N21)CN1C(=O)CCC3C51 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45272 O=c1ccc2ccc(O)c3c2n1C(C(F)F)OC3 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45273 N=C1C/C=C\c2c3n(c(=O)[nH]c2=O)C/C(O)=C\C=C\1C3 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45274 O=C(O)C1Cc2ccc3cccc4c3c2-c2c(nc(=O)n3c2NC4CCCC3)C1 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45275 O=C(O)C1CCc2cc3ccccc3c3cc(O)c(=O)n1c23 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45276 CCCOc1cc(NC2CC=C(O)CC2)c(O)c(C(=O)O)c1O Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45277 C=C1OC2(C)C(C1=O)C(=O)N(CCC(C)=O)C(=O)C2(C)O Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45278 CCCn1c2c3c(cc1=O)CC(CO)CC1=C3C3C(C=C2)CCCN3C1=O Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45279 CC1(C)CN2C(=O)C3=C4C(=CCCC4C2C1O)C=CN3 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45280 CC1CCC2=C3Nc4c5c(nc(=O)n4C1)CC(C(=O)O)Cc1cc(O)cc(c1-5)C3=CC2 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45281 CC(C)Cc1nc(=O)n(CC(C)C)c2c1Cc1c(CO)ccc(O)c1C=N2 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45282 CCC1CC=C2NC3CCC(=O)N4CC5=C(C6=C2N1C(=O)CC6C(O)=C(O)C5)C34 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45283 CCCNc1nc(=O)n2c(=O)ccn3c4ncccc4c(=O)c1c23 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45284 O=C(Cc1cccc(O)c1C(=O)O)NO Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45285 O=c1c(O)ccc2n1C(C(F)F)Oc1ccncc1-2 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

45271 to 45285 of 73725 items. Total 4915 pages.