DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
45256 O=C1OC(C(F)(F)F)N2C(=O)C(O)C(C(=O)O)c3cc(-c4ccccc4)c(O)c1c32 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45257 O=c1nc2c3c4n1C(O)CCC1CCC=C(c5cc(O)cc(c5-3)OC(CCO)C2)C1N4 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45258 CC1Cc2nc(=O)n3c4[nH]/c(c5cccc6c(O)c(O)c(c(c24)c65)C1=O)=C\CCC3O Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45259 CC(C)(C)Oc1cc2c(c(=O)n1CO)NCCC2 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45260 CC1CC2=C(Cc3cc(=O)[nH]c(=O)n3C1)C(C)C=C2 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45261 O=c1nc2c3c4n1C(O)CCc1cccc(c1N4)-c1cc(O)cc(c1-3)C1=CC=CC1C2 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45262 CC1C/C=C2/C=N\CC(=O)c3c(n(c(=O)[nH]c3=O)C1)C2 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45263 O=C1CC2=C(O)C(O)c3cccc4c3C2=C2C(C4)CC3CCOC3N12 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45264 O=C(NCCO)C1=C2C3=C4C(=NC5CCCN(C1=O)C25)COC(CO)N4C(=O)C(O)C3 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45265 O=c1nc2c3c4n1C(O)CCC1C=CC=C(c5cc(O)cc(c5-3)OC(CCO)C2)C1N4 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45266 CCC1CN2C(=O)C3=C4C(=CCCC4C2C1O)C=CN3 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45267 O=C(O)C(=O)N1CCC2C=CC(O)=C(O)C2C1 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45268 CC1CC2=CC=CC2c2cc(CC(=O)O)c(O)cc21 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45269 COC1C(N)C(=O)c2cnc(=O)n3c(=O)ccn1c23 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45270 O=c1c(O)cc2c(O)ccc3c2n1CC(O)C3 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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