Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
45301	O=C1CCC2C3C4=C(CC(O)C(O)C5CC(=O)N6C(=C45)c4c(ccn42)CC6CO)CN13	Pocket2Mol	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45302	CC=C1[C@H]2CC[C@@H]3[C@@H]4N=Cc5cccc(c54)-c4[nH]c(=O)c(=O)n1c4N3[C@H]2C	Pocket2Mol	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45303	COc1ccc2c3c1CN=C3CN1CC3CCC=C3n3c1c-2[nH]c(=O)c3=O	Pocket2Mol	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45304	O=C(O)C1=Cc2[nH]c(=O)c3cccc4c3c2-c2c(nc(=O)n3c2NC4CCCC3)C1	Pocket2Mol	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45305	O=C1N=C2Cc3c(ccc(=O)n3C3CC=CO3)-c3cccc1c32	Pocket2Mol	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45306	C[C@H]1CC[C@@H]2Nc3c4c(nc(=O)n3C1)CC(=CO)[C@@H](C)c1ccc3cccc2c3c1-4	Pocket2Mol	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45307	O=C1C(Cc2ccccc2)=C2c3ccc(=O)n4c3C(=NC3OCCN1C23)COC4CO	Pocket2Mol	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45308	C=CCCC1=C2c3cc(O)c(=O)n4c3C(CC3CNC(=O)N(C1)C23)CC4CC	Pocket2Mol	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45309	O=c1cc(O)c2c3n1C(CO)OCC3c1nccc3cccc-2c13	Pocket2Mol	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45310	CC1(C)CN2Oc3cccc4c(O)cc5c(c34)-c3c(nc(=O)n(c32)C1)CC(C(=O)O)C5	Pocket2Mol	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45311	CC1CCC2Nc3c4c(nc(=O)n3C1)CC1CCCCC1c1ccc3cccc2c3c1-4	Pocket2Mol	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45312	CC1CCC2=Nc3c4c(nc(=O)n3C1)C1C(C(=O)O)C1c1cc(O)c3cccc2c3c1-4	Pocket2Mol	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45313	CC(O)=Cc1ccccc1	Pocket2Mol	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45314	CCC1CC2NC3CCCN4CC5=C(C6=C2N1C(=O)CC6C(=O)C(=O)C5=O)C34	Pocket2Mol	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45315	CCC1CCC2CC3CCCN4C(=O)C(Cc5ccccc5)=C(C5=C2N1C(=O)CC5)C34	Pocket2Mol	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

45301 to 45315 of 73725 items. Total 4915 pages.