DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
45316 O=C(O)c1ccc(O)c(O)c1 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45317 O=C1CC2CN3CCCC3C(=O)N2CC(O)N1 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45318 O=CC(O)C(=O)O Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45319 CCC1CC2CC3CCCN4C(=O)C5=C(C6=C2N1C(=O)C1C2CCC=C(C5)C2C61)C34 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45320 O=C1C2=C3C(=CC=CC3C3C(O)C(CO)CN13)C=CN2 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45321 CC1=C2C(=CC1=O)C(=O)N(O)C(=O)C2O Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45322 CCC1CC2NC3CCC(=O)N4CC5=C(C6=C2N1C(=O)CC6C(O)=CC5=O)C34 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45323 Cc1ccc2c3c1Cc1c(CCC(=O)O)nc(=O)n4c1NC3C(CCC4)CC2 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45324 O=C(O)C1CCc2cc3c(c(=O)n2C1)NCC=C3 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45325 O=C(O)C1=Cc2cc(O)c3cccc4/c5[nH]c6c(c(nc(=O)n6C(O)CC/C=5)C1)c2c34 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45326 O=c1cc(O)c2c3n1C(CO)OCC3c1ncnc3cccc-2c13 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45327 CC1CCC(C(=O)O)c2cc(CC(=O)O)c(O)c(O)c21 Pocket2Mol 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45328 CC1C2=C=CC=C2CN2CC(C)(C)C(O)n3c2c1c(CC(=O)O)nc3=O Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45329 CC(Cc1cc(Cc2cnn(C)c2)c(O)cc1O)C(=O)O Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45330 CC1C/C=c2\[nH]c3c4c(nc(=O)n3C1)C1C(C(=O)O)C1c1cc(O)c3cccc2c3c14 Pocket2Mol 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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