DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4561 Cc1cccc(-c2sc(C3CCN(C(=O)CCCCCC(F)(F)F)CC3)nc2-c2cccc(OC(F)F)c2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4562 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C5CC5)cc4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4563 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C5CCC(N)C5)cc4Cl)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4564 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(-c5ccccc5)cc4C)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4565 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ncnc5[nH]cc(Cl)c45)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4566 CC1=C(O)/C=C(/O)c2c(C3CCCCC3)c(-c3ccccc3)nn2/C(CC2CCCC2)=C\1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4567 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ncc(C5CC5)cn4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4568 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)N5CCCC5C(=O)NCC(=O)O)cn4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4569 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)N5CCCCC5)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4570 Cc1cccc(-c2oc(-c3cccc(OCC(O)CO)c3)nc2C2CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4571 Cc1ccc(CC(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)N4CCCC4)cc3)CC2)c(C)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4572 Cc1ccccc1-c1nc(-c2ccc(OCC(=O)O)c3ccccc23)nc(C2CCN(C(=O)C(C)C)CC2)n1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4573 Cc1cccc(C2CCN(CC3CCN(c4cc(C5CCCC5)ccn4)C3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4574 Cc1ccc(C2=C(NC(=O)c3cc(OCCC4CCCC4)cc(C4CCN(CC(=O)N5CCOCC5)CC4)c3)CCCC2)cc1 AlphaDrug 3O96 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4575 Cc1ccccc1N1CCN=C(C(O)c2ccccc2CCCC(=O)N2CCCCC2)C1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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