DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4516 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C5CC5)cc4F)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4517 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)NC5CCCCC5)c(Cl)c4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4518 Cc1cccc(C2=C(NC(=O)c3cccc(OCCC4CCCCC4)c3)CCCC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4519 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(S(=O)(=O)c5cccc(NC(=O)C6CCCCC6)c5)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4520 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ncnn5c(S(C)(=O)=O)cnc45)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4521 Cc1cncnc1-c1cc(C2CCCCC2)nc(N2CCCCC2)n1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4522 Cc1cccc(C2C=CN(C(=O)C3CCN(c4cnc(N)nc4C4CC4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4523 Cc1ccccc1COCC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(OCC(=O)O)c2)cc1C AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4524 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(OCCOCCO)c(NC5CCCCC5)c4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4525 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc5c(c4)C(=O)C(O)CCCO5)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4526 Cc1cccc(C2CCN(C3CCC3C(=O)N3CCN(c4cccc(OCCCCO)c4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4527 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)NC5CCCCC5)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4528 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)N5CCN(C6CC6)CC5)cn4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4529 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3C=CN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4Cl)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4530 Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)NC5CCOCC5)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 3O96 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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