Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
4486	Cc1ccccc1CN1CCN(c2ccc(C)c(S(=O)(=O)c3ccc(OC4CC(N)C(O)C(O)C4O)cc3)n2)CC1	AlphaDrug	4CJR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4487	Cc1nc(N2CCN(c3ccc(S(=O)(=O)c4nc(N5CCN(Cc6ccccc6C)CC5)ccc4C)cc3)CC2)no1	AlphaDrug	4CJR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4488	Cc1ccccc1CN1CCN(c2ccc(C)c(S(=O)(=O)c3ccc(N4CCN(c5nc(C(=O)O)co5)CC4)cc3)n2)CC1	AlphaDrug	4CJR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4489	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C5CCCC5)cn4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4490	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CCC4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4491	Cc1ccccc1-c1nc(-c2ccccc2F)nc(C2CCN(C(=O)N3CCOCC3)CC2)n1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4492	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)NCC(C)CCCCCCC(=O)O)cc4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4493	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(CC4CCCCC4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4494	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)NN(C)CCCN5CCOCC5)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4495	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4cnc(C5CC5)[nH]4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4496	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(S(=O)(=O)c5cccc(NC(=O)CCC(F)(F)F)c5)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4497	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4cccc(OCCCC(=O)O)c4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4498	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(-c5cnc(C6CC6)o5)cc4C)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4499	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)c(C(=O)O)c4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4500	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc5ncccc5c4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

4486 to 4500 of 73725 items. Total 4915 pages.