DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4426 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)NC1CCCCCCCC(O)CC(O)CN(C(=O)C2CCCC2)C1=O AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4427 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)CCCC(=O)NC1CCCN(C)CC1O AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4428 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C1Cc2ccccc2OCC1=O AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4429 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)Nc1cc(CCC2CCCCC2)nc(C)n1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4430 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1(C2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4431 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCN(C)C1O AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4432 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(=O)C1CCCCC1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4433 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)NC1CCCCN(C(=O)C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4434 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCN(C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4435 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCC(O)CC(O)CN1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4436 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)CCC(=O)NC1CCCCN(C(=O)C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4437 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCC1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4438 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCC(O)CC1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4439 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCN(C)CC1O AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4440 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCC(C)(C)C1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

4426 to 4440 of 73725 items. Total 4915 pages.