DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4456 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCC(O)c2ccccc21 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4457 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Nc3ccc4c(c3)OCO4)C2)cc1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4458 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)Cc1ccccc1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4459 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)CCCC(=O)NC1CCCCN(C)CC1O AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4460 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCC(O)C1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4461 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCC1O AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4462 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccncc1)NC(=O)C1CCC(O)CN1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4463 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccncc1)NC(=O)C1CCCN(C(=O)C2CCCC2)C1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4464 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCC(O)CN1 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4465 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCN1C(=O)C(CO)CC(=O)NC(=O)C(Cc1ccccc1)C(N)=O AlphaDrug 2E6D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4466 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)NC1CC2CCCC(C1)N(C)CC2 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4467 COC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCC1O AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4468 C=C(CC(=O)NC(Cc1ccc(O)cc1)C(=O)OC)Nc1cccc2c1C(=C)C(=O)N(C)CC(O)CCO2 AlphaDrug 2E6D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4469 CC(NC(=O)C1CCc2ccccc21)C(=O)Nc1cc(-c2ccccc2CCC(=O)NCC(=O)O)ccc1Cl AlphaDrug 6H37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4470 CS(=O)(=O)c1cc(-c2ccc(S(=O)(=O)c3ccc4ccccc4c3)cc2)ccc1OCC1CCCCC1 AlphaDrug 6H37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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