DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4471 CC(NC(=O)C1CCc2ccccc21)C(=O)Nc1cc(S(=O)(=O)c2ccccc2)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 6H37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4472 CC(NC(=O)C1CCc2cccc(NCC(=O)O)c21)C(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 6H37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4473 Cc1ccc(-c2ccc(/C(N)=N\CC#N)cc2)cc1NC(=O)C(C)NC(=O)C1CCc2ccccc21 AlphaDrug 6H37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4474 COc1cc(NC(=O)c2ccc(OC)c(OC)c2)cc(C(=O)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 6H37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4475 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)NS(=O)(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)cc1NC(=O)C(C)NC(=O)C1CCc2ccccc21 AlphaDrug 6H37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4476 CC(NC(=O)CC(NC(=O)c1ccc(Oc2ccc(F)cc2F)cc1)C(=O)NC1CCCCC1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6H37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4477 Cc1ccc(-c2ccc(/C(N)=N/C(Cc3ccccc3)C(=O)NS(C)(=O)=O)cc2)cc1NC(=O)C(C)NC(=O)C1C=Cc2ccccc21 AlphaDrug 6H37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4478 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)NS(=O)(=O)c3cccc4ccccc34)cc2)cc1NC(=O)C(C)NC(=O)C1CCc2ccccc21 AlphaDrug 6H37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4479 Cc1ccc2cc(C(NC(=O)C3CCCCC3)C(=O)O)cc(O)c2c1 AlphaDrug 4CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4480 COc1ccc(N2CCN(C(=O)OCc3ccccc3-c3cccc(O)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 4CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4481 Cc1cccc(COc2ccc(C(=O)O)cc2C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4482 Cc1ccccc1CNC(=O)C(C)Cc1ccccc1-c1ccccc1OC(F)(F)F AlphaDrug 4CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4483 Cc1ccccc1CN1CCN(c2ccc(C)c(S(=O)(=O)c3ccc(N4CCCC4)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 4CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4484 Cc1cccc(S(=O)(=O)c2nc(N3CCN(Cc4ccccc4C)CC3)ccc2C)c1 AlphaDrug 4CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4485 Cc1ccccc1CN1CCN(c2ccc(C)c(S(=O)(=O)c3ccc(N4CCN(C(=O)O)CC4)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 4CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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