Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
4576	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)NCC(C)CCCCCCCCC(=O)O)cn4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4577	Cc1ccccc1C1CCN(C(=O)C2CCN(c3ccc(C(=O)N4CCCCC4)cc3C#N)CC2)CC1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4578	Cc1ccccc1-c1cc(C2CCN(C(=O)c3cccc(Cl)c3)CC2)nc(-c2cccc(OC(F)F)c2)n1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4579	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C5(C(=O)NC6CCCCC6)CC5)cc4Cl)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4580	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(Cl)cn4)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4581	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc5c(c4)CCCCC5)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4582	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(-c5cnc(C6CC6)o5)cc4C#N)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4583	Cc1ccnn2cc(-c3cc(OCCCN4CCOCC4)ccc3OCCCO)cc12	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4584	Cc1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)N5CCC(C)CC5)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4585	Cc1cccc(C2CCN(CC3CCN(Sc4cc(-c5ccccc5)nc(N)n4)C3)CC2)c1	AlphaDrug	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4586	CC1(C(=O)N2CC/C(=C\c3cccc(-c4ccccc4)c3)C2)CCN(C(=O)c2ccc3ccccc3c2)CC1	AlphaDrug	6NFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4587	CC1(C(=O)c2cccc(-c3cccc4ccccc34)c2)C=CN(C(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1	AlphaDrug	6NFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4588	CC1(C(=O)N2CCCC2C(=O)NC2CCCC(C(N)=O)CC2)CCN(C(=O)c2ccc3ccccc3c2)CC1	AlphaDrug	6NFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4589	CC1(C(=O)Nc2ccccc2)CCN(C(=O)NC(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6NFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4590	C=CC(=O)NC1CCN(C(=O)C2(C)CCN(C(=O)c3ccc4ccccc4c3)CC2)CC1	AlphaDrug	6NFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

4576 to 4590 of 73725 items. Total 4915 pages.