DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4651 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5cccc(F)c5)CC4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4652 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(N4CCN(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4653 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(N3CCN(c4ccc(C5CC5)cc4)CC3)nc2)cc1 AlphaDrug 5NW1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4654 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4655 Cc1ccc(C(F)(F)F)c(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C4CC4)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 5NW1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4656 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4657 Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(-c2cccc(C3CC3)c2)o1 AlphaDrug 5NW1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4658 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cc(-c4ccccc4C(F)(F)F)nc(N)n3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4659 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(COc4ccc(C(F)(F)F)cc4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4660 CCCCC(=O)N1CCC(c2ccc(S(=O)(=O)NC(CO)c3cccc(O)c3)cn2)CC1 AlphaDrug 4KZ6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4661 CCCCC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(O)c(-c3cccc(S(=O)(=O)c4ccc5cc(O)ccc5c4)c3)cc2O)CC1 AlphaDrug 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4662 CCCCC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(O)c(-c3cccc(S(=O)(=O)c4cccc(Cl)c4)c3)cc2O)CC1 AlphaDrug 4KZ6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4663 CCCCC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(O)c(-c3cccc(S(=O)(=O)c4cccc(O)c4)c3)cc2O)CC1 AlphaDrug 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4664 CCCCC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(O)c(-c3cccc(S(=O)(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2O)CC1 AlphaDrug 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4665 CCCCC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(O)c(-c3ccc(S(=O)(=O)C4CCC(N)C4)cc3)cc2O)CC1 AlphaDrug 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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