DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4696 O=C(/C1=C/C=C(F)\C=C/C(NC(=O)C(c2ccccc2)c2cccc(Cl)c2)C1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5OH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4697 O=C(NC1/C=C\C(F)=C/C=C(/c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C1)C(c1ccccc1)c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5OH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4698 CN(C)c1cccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(C(=O)O)c3)cc2)c1 AlphaDrug 5OH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4699 O=C(NC1/C=C\C(F)=C/C=C(/C(=O)N2CCC(c3ccc(Cl)cc3)CC2)C1)C(c1ccccc1)c1ccc(F)c(Cl)c1 AlphaDrug 5OH3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4700 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(Cn3c(-c4ccc(Cl)cc4)nnc3N(CC(=O)O)C(F)(F)F)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 5NN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4701 Cc1ccc(C)c(-c2cc(Cc3cccc(NC(=O)c4cc(F)ccc4Cl)c3)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5NN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4702 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(OC(F)(F)F)c(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)c1 AlphaDrug 5NN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4703 Cc1cc(C(O)(c2ccc(F)cc2)c2ccccc2C(F)(F)F)cc(C(=O)O)c1Cc1ccccc1 AlphaDrug 5NN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4704 Cc1ccc(C)c(-n2nc(Cc3cccc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)c3ccccc32)c1 AlphaDrug 5NN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4705 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(C(=O)NC3(c4ccc(Cl)c(Cl)c4)CCCCC3)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 5NN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4706 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(C(=O)NC3CCCc4cc(Cl)ccc43)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 5NN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4707 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(C(=O)NCC(O)c3ccc(Cl)c(F)c3)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 5NN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4708 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(C(=O)NC3CCCc4ccc(-c5ccccc5)cc43)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 5NN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4709 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(C(=O)NC3CC4CCC3CC4)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 5NN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4710 COc1cc(C(=O)O)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2Cc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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