DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4726 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(C(C)(C)CO)cc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4727 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3ccccc3)cc(C3CCCCC3)c2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4728 COc1cc(C(F)(F)F)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2cccc(NC(=O)C3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4729 COc1cc(C2=NCCN2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4730 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2cc(C3C=CN(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)ccc2F)cc1 AlphaDrug 5I0B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4731 COc1cc(C2=NC(=O)N(c3ccccc3)C2=O)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4732 COc1cc(C(C)(C)C)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2Cc2c[nH]c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4733 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)/C2=N/NC(=O)NC(=O)NC2=O)cc1 AlphaDrug 5I0B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4734 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2nc(=O)[nH]c(=O)[nH]c2=O)cc1 AlphaDrug 5I0B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4735 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)C2=NN(C(=O)NC3CCCCC3)CC2O)cc1 AlphaDrug 5I0B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4736 COc1cc(C(=O)O)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2Cc2c[nH]c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4737 COc1cc(C2=NN(C3CCCC3)CC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(C2CCCC2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4738 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)/C2=N/NC(=O)NCC(F)(F)C2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4739 COc1cc(C2=NCC(C)(C)N2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4740 COc1cc(-c2n[nH]c(=O)n(-c3ccccc3)c2=O)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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