Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
4786	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(NC(=O)Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4787	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(C3CCN(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4788	COc1cc(C2=NCC(C)(C)C2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4789	COc1cc(C2CCCC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2CCC(=O)NO)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4790	COc1cc(C2CCN(C(=O)NC3CCCCC3)CC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2Cc2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4791	COc1cc(C(C)(C)C)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2Cc2c[nH]c3ccc(F)cc23)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4792	COc1cc(C2CCN(C(=O)NC3CCCCC3)CC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1F	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4793	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(CC3(C(=O)O)CCCCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4794	COc1cc(C(F)(F)F)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(C2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4795	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(N)=O)cc(C3CC=CCCC3)c2)c2ccc(Cl)cc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4796	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc3ccccc23)c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4797	COc1cc(C2=NCCN(C3CCCC3)CC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4798	COc1cc(C2=CCN(c3ccccc3)CC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4799	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(CC3CCCC(C)(N)C3)cc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4800	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3ccccc3)ccc2C2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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