Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
4831	CC(C)N(C)C(=O)c1cc(-c2cc(-c3cc(F)ccc3Cl)ccc2C(=O)NO)ccc1O	AlphaDrug	4QY3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4832	CC(C)N(c1cccc(C(C)(C)C)c1)C1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C(C)(C)C#N)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	4QY3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4833	Cc1cc(C(F)(F)F)cc(-c2ccc(O)c(C(=O)N(C)C(C)C)c2)c1C(=O)O	AlphaDrug	4QY3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4834	CC(C)N(C)C(=O)c1cc(-c2cc(-c3cc(Cl)cc(C(F)(F)F)c3)ccc2C(=O)NO)ccc1O	AlphaDrug	4QY3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4835	CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2ccccc2)on1)c1ccccc1	AlphaDrug	4QY3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4836	CC(C)N(C)C(=O)c1cc(-c2cc(C(C)(C)N)ccc2C(=O)N2CCCCC2)ccc1O	AlphaDrug	4QY3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4837	CC(C)N(C)C(=O)c1cc(-c2ccc(CCCC3(S(=O)(=O)CC4CCCCCC4)C=CCCC3)cc2)on1	AlphaDrug	4QY3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4838	Cc1cc(C(=O)O)ccc1-c1nc(N2CCOCC2)c2cc(-c3ccc(C(=O)NCc4cc(-c5ccccc5)oc4C)cc3)cc-2[nH]1	AlphaDrug	5MES	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4839	Cc1oc(-c2ccc(F)cc2)cc1CNC(=O)c1ccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)n2)cc1	AlphaDrug	5MES	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4840	Cc1oc(/C2=C/c3cc(Oc4ccc(F)cc4)ccc3NC(=O)NC2=O)cc1CNC(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	5MES	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4841	Cc1oc(-c2ccccc2)cc1CCOCC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1	AlphaDrug	5MES	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4842	Cc1oc(-c2ccc(S(C)(=O)=O)cc2)cc1CNC(=O)c1cc2cc(O)ccc2[nH]1	AlphaDrug	5MES	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4843	Cc1oc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)c2)cc1CNC(=O)c1ccc(N2CCC(CCC(=O)O)CC2)cc1	AlphaDrug	5MES	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4844	COc1ccc(C2CCN(C(=O)Nc3cc(C(=O)O)cc(-c4cccc(NC(=O)Nc5ccccc5)c4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	5MES	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4845	Cc1oc(-c2ccccc2)cc1CNC(=O)c1ccc(C#N)c(NC2CCC(C(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)NC2)c1	AlphaDrug	5MES	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

4831 to 4845 of 73725 items. Total 4915 pages.