DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4876 Cc1ccc(S(=O)(=O)NC2CCCN(c3ccc(C(=O)OC4CCC(=O)N4)cc3)C2)cc1 AlphaDrug 5KHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4877 Cc1ccc(S(=O)(=O)NC(CC(=O)N2CCCCC2)C(=O)Nc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5KHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4878 C=CC(=O)N(CCN(C)C)c1cccc(Cn2cc(-c3cccc(C(=O)Nc4cccc5c4ccc(=O)n5C)c3)cn2)c1 AlphaDrug 6O9C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4879 Cc1cc(Nc2nc(-c3ccc4c(c3)CCN(C(=O)C(C)(C)c3ccccc3)C4)cs2)n(-c2ccc(F)cc2)n1 AlphaDrug 6O9C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4880 Cn1c(=O)ccc2c(NC(=O)c3cccc(NCc4ccccc4)c3)cccc21 AlphaDrug 6O9C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4881 Cn1c(=O)ccc2c(-c3cc(NC(=O)C4CCCCC4)c4ccccc4c3)cccc21 AlphaDrug 6O9C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4882 Cn1c(=O)ccc2c(NC(=O)c3cccc(-c4cnn(C(C)(C)C)c4)c3)cccc21 AlphaDrug 6O9C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4883 Cn1c(=O)ccc2c(NC(=O)c3cccc(-c4cnn(CCO)c4)c3)cccc21 AlphaDrug 6O9C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4884 Cn1c(=O)ccc2c(NC(=O)c3cccc(-c4cnn(Cc5cccc(C(F)(F)F)c5)c4)c3)cccc21 AlphaDrug 6O9C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4885 Cn1c(=O)ccc2c(NC(=O)c3cccc(N4CCCCC4)c3)cc(N)nc21 AlphaDrug 6O9C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4886 Cn1c(=O)ccc2c(NC(=O)c3cccc(-c4cnn(Cc5ccc(F)c(F)c5)c4)c3)cccc21 AlphaDrug 6O9C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4887 Cn1c(=O)ccc2c(NC(=O)c3ccccc3N3CCCC3(C)O)cccc21 AlphaDrug 6O9C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4888 O=C(NCc1ccc(O)cc1)c1cnc(NC2CCNCC2)nc1NCc1cc(F)cc(F)c1 AlphaDrug 4ZEI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4889 O=C(NCc1ccc(O)c(CNC(=O)c2cc(O)cc(O)c2)c1)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 4ZEI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4890 O=C(Cn1nc(-c2cccc(Oc3ccccc3)c2)c2cncnc2c1=O)NCc1ccc(O)cc1 AlphaDrug 4ZEI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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