DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4906 O=C(O)c1cccc(CNC(=O)c2ccc(-c3ccnc4[nH]ccc34)cc2)c1 AlphaDrug 6EIR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4907 O=C(O)c1cccc(CNC(=O)c2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 6EIR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4908 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccc(O)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 5CS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4909 COc1cc(F)cc(CNC(=O)c2ccc(-c3nnn4cc(-c5ccc(CN6CCN(C)CC6)cc5)ccc34)cc2)c1Cl AlphaDrug 5CS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4910 NCCCCCCCCCNC(=O)N1CCN(c2ccc(C(=O)Nc3nc4cc(N5CCC(O)C5)ccc4n3C3CCCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 5CS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4911 Cc1ccc(CNC(=O)c2ccc(-c3cnc4c(-c5ccc(CN6CCN(C(=O)C(C)(C)C)CC6)cc5)cnn4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5CS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4912 O=C(NCc1ccccc1)Nc1cccc2c(-c3ccc(F)cc3)cc(-c3nnn[nH]3)cc12 AlphaDrug 5CS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4913 Fc1ccc(-c2ccc(CN3CCC(N4CCCC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4914 Fc1ccc(-c2cc(CNc3ccncn3)cc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5ZNI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4915 NC1CC1NC(=O)Nc1ncc(-c2ccc(Cl)cc2)nc1-c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 5ZNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4916 Fc1ccc(-c2cc(/C=N/c3ccncn3)c(-c3ccncc3)cn2)cc1 AlphaDrug 5ZNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4917 Fc1ccc(-c2cc(CNc3ccnc4ccccc34)c(Cl)cn2)cc1 AlphaDrug 5ZNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4918 Cc1ccc(-c2ccc(CN3CCN(c4ccccn4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4919 Cc1nc(Nc2cccc(-c3ccccc3)c2)nc2ccccc12 AlphaDrug 5ZNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4920 Fc1c(Cl)cc(-c2ccc3c(c2)CCOC3)cc1-c1cnc2[nH]nc(N3CCCC3)c2c1 AlphaDrug 5ZNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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