DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4921 Fc1c(Cl)ccc2nc(C3CCN(c4ncnc5sccc45)CC3)[nH]c12 AlphaDrug 5ZNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4922 Fc1ccc(-c2cc(CNc3cccc4ccccc34)cc(-c3cnc4ccccc4c3)c2)cc1 AlphaDrug 5ZNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4923 CCNC(=O)c1ccc(Oc2ccc(NC(=O)Nc3ccc(Oc4ccc(Cl)cc4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MO8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4924 CCNC(=O)c1ccc(Oc2ccc(NC(=O)Nc3ccc(Oc4ccc(C(F)(F)F)cc4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MO8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4925 CCNC(=O)c1ccc(CC2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(Oc4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5MO8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4926 CCNC(=O)/C1=C/C=C(/c2ccccc2)Oc2nc(NCCCCCCC/C=C/CCCCN)cc(n2)-c2ccccc21 AlphaDrug 5MO8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4927 CCNC(=O)c1ccc(Oc2ccc(NC(=O)Nc3ccc(Oc4ccc(OC)cc4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MO8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4928 CCNC(=O)c1ccc(COCc2ccc(NC(=O)Nc3ccc(Oc4ccccc4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MO8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4929 CCNC(=O)c1ccc(Oc2ccc(NC(=O)Nc3ccc(Oc4ccccc4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MO8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4930 CCNC(=O)C1CN(c2ccc(Nc3ncc4cc(-c5ccccc5)c(OC)nc4n3)cc2)CCN1 AlphaDrug 5MO8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4931 CCNC(=O)c1ccc(Oc2ccc(NC(=O)Nc3ccc(Oc4cc(NC)cc(C(F)(F)F)c4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MO8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4932 O=C1NCCc2ccc(-c3ccc(-c4cccc(-c5ccccc5)c4)cc3)cc21 AlphaDrug 5ZNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4933 O=c1ncc2ccc(-c3cccc(-c4cccc(-c5ccccc5)c4)c3)cc2[nH]1 AlphaDrug 5ZNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4934 O=C(Cn1c(=O)ncc2cc(-c3cccc(-c4ccccc4)c3)ccc21)c1ccccc1 AlphaDrug 5ZNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4935 O=c1ncc2ccc(-c3cccc(-c4cccc(COc5nccs5)c4)c3)cc2[nH]1 AlphaDrug 5ZNC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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