DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4981 CN(C)CCCN(Cc1ccc(O)cc1)C(=O)c1cc2cc(O)ccc2cc1C(=O)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 6MLN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4982 CN(C)CCCN(Cc1ccc(O)cc1)C(=O)c1cc2c(O)cc(O)cc2o1 AlphaDrug 6MLN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4983 CN(C)CCCN(Cc1ccc(O)c(O)c1)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 6MLN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4984 CN(C)CCCN(Cc1ccc(O)cc1)C(=O)c1cc2cc(O)ccc2o1 AlphaDrug 6MLN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4985 CN(C)S(=O)(=O)Nc1nc(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)c(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)n1C AlphaDrug 6MLN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4986 CN(C)CCCN(Cc1ccc(O)cc1)C(=O)c1cc2cc(O)c(O)cc2o1 AlphaDrug 6MLN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4987 CN(Cc1cccc(-c2cccc(NS(C)(=O)=O)c2)c1)C(=O)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 6MLN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4988 CN1CCC(CNC(=O)c2ccc(O)c(O)c2)(c2ccc(O)cc2)C1O AlphaDrug 6MLN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4989 CN(C)CCCN(Cc1ccc(O)cc1)C(=O)c1cc2cc(O)c(O)cc2o1 AlphaDrug 6MLN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4990 O=C(Nc1ccc(-c2ccc3cc(O)ccc3c2)cc1)C1CCCN1 AlphaDrug 5A2I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4991 Oc1ccc2cccc(OC3CCCC3)c2c1 AlphaDrug 5A2I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4992 Oc1ccc2cccc(OC3CCC3)c2c1 AlphaDrug 5A2I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4993 Oc1ccc2cc(-c3cc4ccccc4o3)ccc2c1 AlphaDrug 5A2I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4994 Cc1ccncc1/[SH]=C1\NCSC2CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCOC(=C\C=C/2c2ccc3cc(O)ccc3c2)/C=C\C1=O AlphaDrug 5A2I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4995 O=C(O)CC1OC(SSc2ccccc2)CN(c2nc3ccc(Cl)cc3o2)C1=O AlphaDrug 5A2I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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