DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5041 Cc1ccc(C)c(NC(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)c1 AlphaDrug 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5042 Cc1ccc(C)c(NC(=O)Nc2cccc(-c3ccc4ncn(CC(=O)O)c4c3)c2)c1 AlphaDrug 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5043 Cn1cc(-c2ccc(N3CCCC(C(=O)NCCO)C3)cc2)cn1 AlphaDrug 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5044 Cc1ccc(C)c(NC(=O)Nc2ccc(-c3ccc4nc(C)oc4c3)cc2)c1 AlphaDrug 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5045 Cc1ccc(C)c(C(=O)Nc2ccc(OC(F)(F)F)cc2-c2ccccc2)n1 AlphaDrug 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5046 Cc1ccc(C)c(NC(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(C)(C)O)c3)cc2)c1 AlphaDrug 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5047 Cc1ccc(C)c(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCCCC3=O)cc2)c1 AlphaDrug 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5048 Cc1ccc(C)c(S(=O)(=O)N2CCCC(NC(=O)c3ccc(C(C)(C)C)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 5VCZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5049 Cc1ccc(C)c(NC(=O)Nc2ccc(C)c(N3CCCCC3)c2)c1 AlphaDrug 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5050 CC(C)C(=O)N1CCN(c2cccc(-c3cccc4[nH]c(NC(=O)C(C)Cc5ccccc5)cc34)c2)CC1 AlphaDrug 4R4C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5051 CC(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1ccc2nc(-c3ccccc3)cc(NCC(=O)NCC(C)(C)O)c2c1 AlphaDrug 4R4C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5052 CC(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1ccc2nc(-c3ccc(Cl)c(C(=O)O)c3)ccc2c1 AlphaDrug 4R4C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5053 CC(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1cc(C(C)Nc2cc(-c3ccccc3)ccn2)ccc1F AlphaDrug 4R4C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5054 CN1C(=O)CC(COc2ccc3nc(NC(=O)c4ccccc4C(F)(F)F)sc3c2)C1C(=O)NC(=O)NC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 4R4C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5055 CC(C)C(=O)NCc1ccc(-c2cccc3[nH]c(NC(=O)C(C)Cc4ccccc4)cc23)cc1 AlphaDrug 4R4C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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