DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4996 O=C1N/C=C\C2=C/C=C(\c3ccc4cc(O)ccc4c3)C(CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCO2)SCN/C1=[SH]\c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 5A2I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4997 Oc1ccc2cc(-c3ccc(OC4CCCC4)cc3)ccc2c1 AlphaDrug 5A2I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4998 Oc1ccc2cc(Cl)c(OCC3CCCC3)cc2c1 AlphaDrug 5A2I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4999 O=C1COCCCCCCCCCCCOC2=C/C=C(/c3ccc4cc(O)ccc4c3)C(/C=C\C\C=C/2)N/C(=N\O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCN1 AlphaDrug 5A2I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5000 Cc1ccc(C(=O)NCc2cccc(-c3ccc4cnc(N)cc4c3)c2)cc1 AlphaDrug 5XMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5001 Cc1ccc(C2(Nc3ccc(Cl)c(Cl)c3)COC2)cc1 AlphaDrug 5XMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5002 COCC(C)N1CCN(c2ccc(C(=O)NCc3ccc(F)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5XMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5003 Cc1ccc(Cl)cc1OCCNC(=O)c1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5XMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5004 Cc1sc(-c2ccc3c(c2)CCC(N(C)C(=O)c2cc4cc(C(F)(F)F)ccc4s2)C3)nc1CNC(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5XMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5005 COc1ccc(C(=O)NC2CCN(c3ccc(-c4ccc5nc(C)sc5c4)cc3)C2)cc1 AlphaDrug 5XMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5006 CCOc1ccc(C(=O)NC(Cc2cccc(OC)c2)C2(O)CCOC2)cc1 AlphaDrug 5XMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5007 Cc1ccc(-c2cnc(N3CCN(S(C)(=O)=O)CC3)nc2)cc1C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5XMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5008 Cc1ccc(-c2cc3c(-c4ccc(C(=O)NCCCC(=O)O)cc4)nn(C)c3cc2F)cc1 AlphaDrug 5XMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5009 Cc1ccc(C(=O)/C=C/C2CCC(C)(NC(=O)c3ccc(Cl)cc3)O2)cc1 AlphaDrug 5XMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5010 COc1ccc(-c2cccnc2CN2CCN(C(=O)CN3CCOCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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