DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5011 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3C#Cc3ccc(C)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5012 COc1ccc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)CN4CCN(c5ccccc5C)CC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5013 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3C#CC3CCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5014 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(-c4cnnn4CC4CCCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5015 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(C(=O)O)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5016 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3C#Cc3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5017 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(-c4cnnn4CC(=O)O)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5018 COc1ccc(-c2ccc(/C(=C\c3ccc(Cl)cc3)CCC3CCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5019 COc1ccc(-c2ccc(/C(=N\C#N)Nc3ncnc4cc(F)ccc34)cc2)cc1 AlphaDrug 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5020 CN(C)C(=O)c1cc2ccc(-c3ccc(CCC(=O)O)c(NC4CC4)c3)cc2s1 AlphaDrug 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5021 CN(C)C(=O)c1ccc2cc(-c3ccc(OCc4ccc(C(F)(F)F)c(F)c4)c(F)c3)[nH]c2c1 AlphaDrug 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5022 CN(C)C(=O)c1ccc2cc(-c3ccc(OCc4ccc5ccc(OC(F)F)cc5c4)cc3)[nH]c2c1 AlphaDrug 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5023 CC(NC(=O)C(CC(=O)O)N(C)C(=O)C(CCCCC(=O)O)C(=N)N)C(=O)NCCCN(C)C(=O)CCCCNC(=O)c1cc2ccc(C(=O)N(C)C)cc2[nH]1 AlphaDrug 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5024 Cc1cccc(CN(C)C(=O)c2ccc(-c3ccc(OC(F)F)c(F)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5025 CN(C)C(=O)c1ccc2cc(-c3ccc(C#Cc4ccc(O)c(O)c4)cc3)[nH]c2c1 AlphaDrug 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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