Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
5071	CC(C)Cc1cc(C(=O)N2CCCC(c3cc(-c4nnn[nH]4)cc4ccccc34)CC2)nc2ccccc12	AlphaDrug	5E73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5072	CC(C)Cc1cc(C(=O)N2CCCC(c3ncc(-c4ccc(C(=O)O)c(F)c4)o3)CC2)nc2ccccc12	AlphaDrug	5E73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5073	Cc1ccc(-c2nc(CC(C)C)cc(-c3ccc4c(c3)C(=O)/N=C(/N)CCO4)n2)cc1C(=O)O	AlphaDrug	5E73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5074	CC(C)Cc1cc(-c2cc(C(=O)NC3CCN(C(=O)CN(C)C)CC3)ccc2C(F)(F)F)nc2ccccc12	AlphaDrug	5E73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5075	CC(C)Cc1cc(C(=O)N2CCCC(c3cc(C(F)(F)F)cc4cn[nH]c34)CC2)nc2ccccc12	AlphaDrug	5E73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5076	O=C(Nc1ccc(C(F)(F)F)c(C(O)c2ccc(F)c(C(F)(F)F)c2)c1)N1CCc2ccccc2C1	AlphaDrug	5E73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5077	CC(C)Cc1cc(C(=O)N2CCC(CNC(=O)C(N)NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)C2)nc2ccccc12	AlphaDrug	5E73	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5078	CC(C)Cc1cc(C(=O)N2CCC(O)(C(N)=O)C2CNC(=O)c2cccc(NC(=O)c3ccccc3)c2)nc2ccccc12	AlphaDrug	5E73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5079	CC(C)Cc1cc(-c2cc3c(cc2C(F)(F)F)NC(=O)C3CCCN2CC(=O)C2(C)C)nc2ccccc12	AlphaDrug	5E73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5080	Nc1nc(NCc2ccc(-c3cccc(OC(F)(F)F)c3)cc2)nc(C2(O)CCCCCC2)n1	AlphaDrug	4LJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5081	Nc1nc(NCc2ccc(-c3cccc(OC(F)(F)F)c3)cc2)nc(C2CCCCC2)n1	AlphaDrug	4LJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5082	Nc1nc(NCc2ccc(Cl)cc2)c(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)s1	AlphaDrug	4LJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5083	Nc1nc(NCc2ccc(-c3cccc(OC4CCOCC4)c3)cc2)cc(C(=O)O)n1	AlphaDrug	4LJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5084	Nc1nc(NCc2cccc(-c3ccncc3)c2)cc(C(=O)O)n1	AlphaDrug	4LJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5085	Nc1nc(NCc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)nc(N2CCC(N(C(=O)O)C(=O)NCC3CCCCCC3)CC2)n1	AlphaDrug	4LJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

5071 to 5085 of 73725 items. Total 4915 pages.