DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5026 CN(C)C(=O)c1ccc2cc(-c3ccc(OCc4ccc(C(=O)O)c(F)c4)cc3)[nH]c2c1 AlphaDrug 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5027 CC(=O)Nc1ccc(Oc2ccc(-c3cc4ccc(C(=O)N(C)C)cc4[nH]3)cc2)cc1C AlphaDrug 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5028 CN(C)C(=O)c1ccc2cc(-c3cc(C(=O)NCCCCCCc4ccccc4)ccc3C(=O)O)ccc2c1 AlphaDrug 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5029 CN(C)C(=O)c1ccc2cc(-c3ccc(OC(=O)Nc4cccc(Cl)c4)cc3)[nH]c2c1 AlphaDrug 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5030 Cc1ccc(-c2ccc3cc(C(=O)NCc4ccc(N5CCCC5)cc4)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5031 Cc1ccc(-c2ccc3cc(C(=O)NCc4cccc(-c5cccc6ccccc56)c4)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5032 Cc1ccc(-c2ccc(-c3cc4cnccc4o3)o2)cc1 AlphaDrug 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5033 Cc1ccc(-n2nc(C(=O)NCc3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2-c2cccc(O)c2)cc1 AlphaDrug 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5034 COc1nccc(C)c1C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5035 Cc1ccc(-c2ccc3cc(C(=O)NCc4cc(-c5cccc([N+](=O)[O-])c5)cs4)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5036 Cc1ccc(-c2ccc3cc(C(=O)NCc4cccc5ccccc45)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5037 Cc1ccc(-c2ccc3cc(C(=O)NCc4cccc(-c5cccc(C(F)(F)F)c5)c4)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5038 Cc1ccc(-c2ccc3cc(C(=O)NCCO)[nH]c(=O)c3c2)cc1 AlphaDrug 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5039 Cc1ccc(-c2ccc3cc(C(=O)NCc4cc(-n5cnc6ccccc65)ccc4O)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5040 Cc1ccc(C)c(NC(=O)Nc2ccc(-c3ccc4ncn(CC(C)(C)O)c4c3)cc2)c1 AlphaDrug 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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