Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
5086	Nc1nc(NCc2ccc(-c3ccccc3NC(=O)C3CCCCCC3)cc2)nn1CC(=O)O	AlphaDrug	4LJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5087	Nc1nc(OC2CCCCC2)nc(Cl)c1-c1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(O)C2)cc1	AlphaDrug	4LJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5088	Nc1nc(NCc2cccc(-c3cccc(OC4CC=CCC4)c3)c2)cc(O)c1F	AlphaDrug	4LJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5089	Nc1nc(NCc2ccc(-c3cccc(OC(F)(F)F)c3)cc2)nc(C2CCC(NC(=O)c3cccs3)CC2)n1	AlphaDrug	4LJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5090	CCC(C)C(NC(=O)c1cc2cc(-c3cccc(C)c3)ccc2[nH]1)c1cccc(C(=O)O)c1	AlphaDrug	5EPN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5091	CCC(C)N(c1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1)S(=O)(=O)c1cccc(-c2ccccc2)c1	AlphaDrug	5EPN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5092	CCC(C)N(c1ccc(Cl)cc1)c1cccc(-c2c(C(=O)O)noc2-c2ccc(Cl)cc2)c1	AlphaDrug	5EPN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5093	CCC(C)N(c1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1)S(=O)(=O)c1cccc(-c2ccncc2)c1	AlphaDrug	5EPN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5094	CCC(C)N(c1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1)c1cc(OC)cc(C(C)C)c1	AlphaDrug	5EPN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5095	CCC(C)N(c1cccc(-c2cn(-c3ccc4c(c3)OCO4)cn2)c1)C1CCC(CC(=O)O)CC1	AlphaDrug	5EPN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5096	CC(C(=O)N1CCC(c2cc(-c3cccc(-c4cnccn4)c3)ccn2)CC1)c1cccc(Cl)c1	AlphaDrug	5EPN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5097	CCC(C)N(c1ccc(C(=O)O)cc1)c1cccc(-c2cccc(-c3nc(C)nn3C)c2)c1	AlphaDrug	5EPN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5098	CCC(C)N(c1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1)c1cc(N2CCCCC2)cc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	5EPN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5099	CCC(C)N(c1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1)S(=O)(=O)c1cc(-c2ccccc2)ccc1Cl	AlphaDrug	5EPN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5100	CC(C/C=N/c1c2c(nc3ccccc13)CCC2)NC(=O)Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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