DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5146 NS(=O)(=O)c1ccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc4ccccc4c3Cl)c2)c(Cl)c1 AlphaDrug 6S4N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5147 NS(=O)(=O)Nc1ccc(-c2nnn(CC(=O)NCc3ccccc3)c2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6S4N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5148 NS(=O)(=O)Nc1cc(Cl)ccc1-c1nnc(C(=O)O)o1 AlphaDrug 6S4N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5149 NS(=O)(=O)Nc1ccc(-c2ccc(SCC(F)(F)F)cc2)cc1[N+](=O)[O-] AlphaDrug 6S4N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5150 CC(C)(C)C(=O)Nc1cc(-c2ccc(OCC(F)(F)F)cc2)ccc1NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5151 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCC(=O)NC2Cc3ccc(O)cc3C2)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5ZAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5152 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)O)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(CC(=O)O)c2)CC1 AlphaDrug 5ZAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5153 CC(C)(C)C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)c1ccc(-c2ccc(OCc3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5154 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(-c2ccc(Cl)cc2)cc1S(=O)(=O)N1CCC(CC(=O)NC2CON(c3ccc(F)cc3)C2)C(=O)O1 AlphaDrug 5ZAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5155 Cc1cccc(C2CCN(S(=O)(=O)c3cc(C(=O)NCC(N)C(=O)NC4CCCN(C(=N)N)C4)ccc3NC(=O)C(C)(C)C)CC2)c1 AlphaDrug 5ZAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5156 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=N)N)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 5ZAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5157 O=C(NC1CCCCN(c2ccc3ccccc3n2)C1=O)C(O)CN1CCCCC1 AlphaDrug 5ZAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5158 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(C#N)n2)CC1 AlphaDrug 5ZAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5159 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NO)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 5ZAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5160 Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccco4)cnn3c2)cc1OC(C)C1CCC(O)C1 AlphaDrug 4Z07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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