Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
5191	CC(C)(C)c1cc(-c2nc(-c3cccc(C4CC4)c3)n(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)n2)ccn1	AlphaDrug	5UCJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5192	CC(C)(C)c1cc(-c2nc(-c3ccccc3C(F)(F)F)n(-c3cccc(C(=O)O)c3)n2)ccn1	AlphaDrug	5UCJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5193	CC(C)(C)c1ccc(-c2cccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)n2)cc1	AlphaDrug	5UCJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5194	Cc1cc(C(C)(C)C#N)ccc1-c1nc(-c2ccnc(C(C)(C)C)c2)nn1-c1ccc(C(=O)N(C)C)cc1C	AlphaDrug	5UCJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5195	Cc1nn(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)c(-c2cccc(Oc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)c1C(C)(C)C	AlphaDrug	5UCJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5196	CC(C)(C)c1cc(-c2nc(-c3ccccc3C(F)(F)F)n(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)n2)ccn1	AlphaDrug	5UCJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5197	CC(C)(C)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)s2)c(Cl)n1	AlphaDrug	5UCJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5198	CC(C)(C)c1cc(-c2nc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)n(-c3ccc(C(=O)O)cc3)n2)ccn1	AlphaDrug	5UCJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5199	CC(C)(C)c1cc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc3)cc(OCC(=O)O)c2O)ccn1	AlphaDrug	5UCJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5200	Cc1ccc(-c2nnc(C3CCN(C(=O)CCC4CCOCC4)CC3)o2)cc1	AlphaDrug	4UJ2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5201	Cc1ccc(-c2nnc(C3CCN(C(=O)CCC4(NC(=O)CNC(=O)NC5CCCCCC5)CC4)CC3)o2)cc1	AlphaDrug	4UJ2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5202	Cc1ccc(-c2nnc(C3CCN(C(=O)CCCN4CCN(c5ccccn5)CC4)CC3)o2)cc1	AlphaDrug	4UJ2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5203	Cc1ccc(-c2nnc(C3CCN(C(=O)C(F)(F)F)CC3)o2)cc1	AlphaDrug	4UJ2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5204	Cc1ccc(-c2nnc(COc3c(C)nc4ccccc4c3C(=O)NC3CC3)n2C)cc1	AlphaDrug	4UJ2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5205	Cc1ccc(-c2nnc(C3CCN(C(=O)C4CCCN4C(=O)C(CO)c4cccc(C)n4)CC3)o2)cc1	AlphaDrug	4UJ2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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