DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5251 COc1ccc(-c2ccc(CC3CC3)cc2)cc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5252 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2nc3c4cccc([nH]2)CCCCC3CO4)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5253 CC1=C(C)/C2=C/C=C(/c3nc(C4CC4)n[nH]3)CNC(=O)CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)ONCCSS(=O)(=O)C2=C1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5254 COc1ccc(C(=O)NCc2ccccc2)cc1S(=O)(=O)Nc1ccc(C2CC=CCC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5255 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCC2)c2ccnc(NC3CCCC3)n2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5256 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Cc3cccnc3)CCC2O)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5257 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccccc2-c2nnn[nH]2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5258 COc1ccc(C(=O)Nc2cccc(N3C=CCCC3)c2)cc1S(=O)(=O)Nc1ccc(C2CCCC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5259 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccccc2OCC2C=CN(c3ccc4cc(OCC(=O)O)ccc4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5260 Cc1ccc([SH](=O)(NC(=O)Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5261 COc1ccc(S(=O)(=O)CC2CC(O)CN(CC3CCCC3)C(=O)C3CCCN(C3)C(=O)CC(O)CC(O)CN2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5262 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(N3CCC4(CCNC4)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5263 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(N3CC4(CCCC4)CCC3NS(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5264 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCNCC3)cc2)c2ccc(C3CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5265 COc1ccc(-c2ccc(C)cc2)cc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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