DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5221 Cc1ccc([SH](=O)(NC(=O)c2cc(CC3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2cccnc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5222 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(N3CCN(CC4CCCNC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5223 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(N3CCN(CC4OCC4O)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5224 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1S(=O)(=O)Nc1ccc(C2CCCC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5225 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(OCc3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5226 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)C(C)(C)NC(=O)Nc2cccc(C3CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5227 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C3CC3)cc2)cc1S(=O)(=O)Nc1ccc(C2CCCC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5228 COC(=N)CCCCCCCCCC1CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNC(=O)CCCCCCCCCN1C(=O)c1ccc(OC)c(NC(=O)NS(=O)(=O)c2ccc3c(c2)CCCN3)c1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5229 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccccc2OCC2CCN(c3ccc4oc5ccccc5c4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5230 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(N3CCN(C(=O)O)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5231 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(N3CCN(c4ccc5c(c4)OCO5)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5232 COc1ccc(C(=O)NN2CCCCCC2)cc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(C2CC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5233 COc1ccc(C(=O)NN2CCCCCCC2)cc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(C2CC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5234 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(Oc3ccc4ccccc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5235 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccccc2OCC2CCN(c3ccc4ccc(C(=O)O)cc4n3)CC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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