DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5281 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccccc2OCC2OCC(O)C2O)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5282 COc1ccc(-c2ccc(C3CC3)cc2)cc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5283 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccccc2OCC2CCN(c3ccc4ccc(C(C)C)cc4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5284 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccccc2CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5285 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C3CC3)c(F)c2)cc1S(=O)(=O)Nc1ccc(C2CCCC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5286 Cc1ccc([SH](=O)(NCc2cccc3ccccc23)C(=O)NCC(O)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5287 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C3CCCC3)cc2)cc1S(=O)(=O)Nc1ccc(C2CCCC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5288 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(Oc3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5289 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2nc3ccc(C4(C(=O)O)CC4)cc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5290 COc1ccc(C2CCCC(C)(C)CN2)cc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(C2CC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5291 CCc1nc(Nc2ccc(S(C)(=O)=O)cc2)nn1-c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5T19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5292 Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4ccc5c(n4)CCN(C(=O)CN(C)C)C5)ncc3F)cc2n1C1CC1 AlphaDrug 5T19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5293 CN1CCC(NC(=O)c2cccc(-c3nc(Nc4ccc(N(C)C)cc4)ncc3F)c2)CC1 AlphaDrug 5T19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5294 CN(C)CC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cnn4ccccc34)ccn2)CC1 AlphaDrug 5T19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5295 CNc1ncc(-c2ccc(F)cc2)c(-c2ccnc(Nc3ccc(-c4cccnc4)cn3)n2)n1 AlphaDrug 5T19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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