DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5341 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)CCC(=O)NCC(=O)O)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5ZA7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5342 O=C(NC1CCCCN(c2ccc3ccnc(F)c3n2)C1=O)C(O)CCN1CCOCC1 AlphaDrug 5ZA7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5343 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCc2ccccc2)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2ccc([N+](=O)[O-])cc2)CC1 AlphaDrug 5ZA7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5344 Cc1cccc(N2CCCN(S(=O)(=O)c3cc(C(=O)OCc4ccc(OC(C)C)cc4)ccc3NC(=O)C(C)(C)C)CC2)c1 AlphaDrug 5ZA7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5345 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 5ZA7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5346 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1S(=O)(=O)N1CCCN(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1 AlphaDrug 5ZA7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5347 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NO)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 5ZA7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5348 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(N)=O)cc1S(=O)(=O)N1CCCN(c2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5ZA7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5349 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCCCN)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 5ZA7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5350 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(N)=O)cc1S(=O)(=O)N1CCN(c2cccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 5ZA7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5351 Cn1c(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c(SCc2ccc(-n3cnnc3)cc2)n2nccc12 AlphaDrug 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5352 Cn1cnnc1C1CCC(Nc2cc(-c3cccc(Cl)c3)ncn2)C1 AlphaDrug 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5353 Cc1nc2cc(Cl)ccc2n1-c1cc(-c2nc(C3C=CCCCC3)no2)c2c(c1)ncn2C AlphaDrug 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5354 CC1CN(c2cc(-c3ccc(C(=O)NCc4ccc(-n5cnc6ccccc65)cc4)cc3)ncn2)CCN1 AlphaDrug 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5355 Cc1ccc(C(=O)NC(C)c2ccccc2)c2sc(-c3ccc(N4CCC(NC(=O)Nc5ccccc5)CC4)cc3)cc12 AlphaDrug 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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